Tomohon sejak dahulu telah dituliskan dalam beberapa catatan sejarah. Salah satunya terdapat dalam karya etnografis Pendeta N. Graafland yang ketika pada tanggal 14 Januari 1864 di atas kapal Queen Elisabeth, ia menuliskan tentang suatu negeri yang bernama Tomohon yang dikunjunginya pada sekitar tahun 1850.
Perkembangan peradaban dan dinamika penyelenggaraan pembangunan dan kemasyarakatan dari tahun ke tahun menjadikan Tomohon sebagai salah satu ibukota kecamatan di Kabupaten Minahasa.
Dekade awal tahun 2000-an masyarakat di beberapa bagian wilayah kabupaten Minahasa melahirkan inspirasi dan aspirasi kecenderungan lingkungan strategis baik internal maupun eksternal untuk melakukan pemekaran daerah. Berhembusnya angin reformasi dan diimplementasikannya kebijakan otonomi daerah, semakin mempercepat proses akomodasi aspirasi masyarakat untuk pemekaran daerah dimaksud. Melalui proses yang panjang secara yuridis dan pertimbangan yang matang dalam rangka akselerasi pembangunan bangsa bagi kesejahteraan masyarakat secara luas, maka Pemerintah Kabupaten Minahasa beserta Dewan Perwakilan Daerah Kabupaten Minahasa merekomendasikan aspirasi masyarakat untuk pembentukan Kabupaten Minahasa Selatan, Kota Tomohon, dan Kabupaten Minahasa Utara; yang didukung oleh Pemerintah Propinsi Sulawesi Utara. Pembentukan Kabupaten Minahasa Selatan dan Kota Tomohon ditetapkan Pemerintah Pusat dengan dikeluarkannya Undang-Undang Nomor 10 Tahun 2003, dan pembentukan Kabupaten Minahasa Utara melalui Undang-Undang Nomor 33 Tahun 2003.
Terbentuknya lembaga legislatif Kota Tomohon hasil Pemilihan Umum Tahun 2004, menghasilkan Peraturan Daerah Kota Tomohon Nomor 22 Tahun 2005 tentang Lambang Daerah dan Peraturan Daerah Kota Tomohon Nomor 29 Tahun 2005 tentang Hari Jadi Kota Tomohon.
Kota Tomohon diresmikan oleh Menteri Dalam Negeri Harry Sabarno atas nama Presiden Republik Indonesia pada tanggal 4 Agustus 2003.
Pelantikan Walikota dan Wakil Walikota hasil Pemilihan Kepala Daerah langsung, Jefferson S. M. Rumajar, SE dan Linneke S. Watoelangkow pada tanggal 4 Agustus 2005 oleh Pejabat Gubernur Sulut Ir. Lucky Korah, M.Si berdasarkan SK Menteri Dalam Negeri No. 131.51-494 Tahun 2005, tanggal 13 Juli 2005 (Walikota) dan No. 131.51-495 tanggal 13 Juli 2005 (Wakil Walikota).